Cours d’eau et poissons migrateurs amphihalins

Le Mardi 17 octobre 2017
Saumon, anguille, esturgeon, lamproies, aloses... Les populations de poissons grands migrateurs subissent un déclin continu depuis plusieurs décennies. La présence d’obstacles à la migration, l’altération de la qualité de l’eau et de leurs habitats ainsi que la surpêche en sont les principales causes. Cette situation nécessite de mobiliser l’ensemble des partenaires impliqués dans la gestion des milieux aquatiques pour multiplier les actions, telles que la restauration de la continuité et des caractéristiques physiques des cours d’eau, la mise en place de dispositifs de franchissement piscicole fonctionnels, mais aussi la gestion adaptée de ces ouvrages et de la ressource en eau.

Restauration de la dynamique des cours d’eau, de la continuité écologique et de l’hydromorphologie

Notions clés

Définitions

La notion de cours d’eau est définie par l’article L. 215-7-1, issu de l’article 118 de la loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages du 8 août 2016 : « Constitue un cours d'eau un écoulement d'eaux courantes dans un lit naturel à l'origine, alimenté par une source et présentant un débit suffisant la majeure partie de l'année. L'écoulement peut ne pas être permanent compte tenu des conditions hydrologiques et géologiques locales. » La cartographie des cours d’eau est réalisée par département par les directions départementales des territoires – et de la mer – et accessible sur leur site internet.

La continuité écologique se définit par la libre circulation des organismes aquatiques ou encore des espèces biologiques, c’est-à-dire de tous les éléments vivants de la rivière et le transport naturel des sédiments. Cette circulation se fait :

  • passivement, par le seul fait de l’écoulement de l’eau (algues, invertébrés, diatomées, larves, zooplancton, etc.) ;
  • activement pour d’autres (poissons, mammifères, amphibiens, etc.). La circulation active est généralement appelée migration.

La réglementation française simplifie la continuité écologique à la libre circulation des poissons et au transport sédimentaire. C’est pourquoi, dans le cadre de la restauration de la continuité écologique imposée par les classements de cours d’eau prévus au L. 214-17 du code de l’environnement, seule la circulation des poissons doit être assurée.

Cette continuité a trois dimensions :

  • une dimension longitudinale : dans les directions amont et aval ;
  • une dimension transversale : entre le lit mineur du cours d’eau et le reste de son lit majeur, notamment ses annexes hydrauliques en lit majeur ;
  • une dimension verticale : entre le lit mineur et le sous-sol ou les nappes.

Une quatrième, commune aux trois autres, s’ajoute :

  • une dimension temporelle : la continuité écologique dépend des saisons hydrologiques et du rythme biologique des espèces.

L’essentiel des actions réglementaires de restauration se focalise sur les deux premières dimensions (longitudinale et transversale).

D’où vient l’eau des cours d’eau ?

Le cycle de l’eau est un cycle continu qui lie l’atmosphère et la surface terrestre grâce à des processus de circulation de l’eau sous différentes formes (liquide, vapeur, glace). Depuis des milliards d’années, la quantité d’eau est en circulation au sein de ce cycle de l’eau et elle se transforme en permanence (atmosphère, surface et sous-sol). Ce cycle n’a ni commencement ni fin, car les mécanismes du cycle de l’eau (cycle hydrologique) ne surviennent pas les uns à la suite des autres mais simultanément.

Le débit est la quantité d'eau s'écoulant en une seconde en un point donné d'un cours d'eau. La quantité d’eau arrivant au cours d’eau va dépendre des principaux facteurs suivants :

  • la quantité de pluie qui tombe (pluviométrie) ;
  • les réserves d’eau (notamment nappes phréatiques et glaciers) ;
  • la structure physique du bassin versant (forme, relief, composition).

Fonctionnement des cours d’eau

L’ensemble des bassins versants alimente le réseau hydrographique. Le réseau hydrographique est l’ensemble constitué par les fleuves et leurs affluents drainant une région plus ou moins étendue. Un cours d’eau présente naturellement un profil d’équilibre qui permet à toute rivière de tendre vers une pente qui assure le transport vers l’aval des matériaux solides provenant de l’amont. Le transport de matériaux, et surtout sa variabilité, génère de la mobilité. C’est pourquoi le cours d’eau est un architecte à la fois hydraulique, morphologique et sédimentaire.

Une rivière est un axe de circulation dont le transporteur est l’eau. Ce transport peut être actif ou passif. Les variations de débit sont à la base du fonctionnement d’une rivière et permettent la création d’habitats. L’habitat dans un cours d’eau ne se localise pas au hasard, mais selon une logique morphologique (c'est-à-dire selon le faciès : profondeur, largueur, pente, le type de berge, de substrat) et géographique qui s’organise à la fois longitudinalement et transversalement. Ainsi, la faune s’implante en fonction de la présence ou non des conditions nécessaires à sa survie (température précise, pH adapté, quantité de lumière, certaine concentration d’oxygène…).

Conditions minimales de survie pour la faune et la flore

Diversité d’habitats

Pour accomplir entièrement leur cycle de vie, les espèces de poissons présentes dans un cours d’eau donné doivent pouvoir y trouver en permanence une variété suffisante d’habitats pour répondre à leurs besoins de reproduction, de croissance, d’alimentation, de repos et d’abri. Le maintien et la régénération constante de ces habitats diversifiés sont étroitement liés au bon fonctionnement du mécanisme naturel d’érosion, de transport et de dépôt des sédiments (pierres, graviers, sables grossiers, etc.) engendré par les changements de débits entre les crues et les étiages, les changements de pente du cours d’eau, les changements de nature des berges et les changements de substrats en fond du lit de la rivière.

Les différents habitats de la rivière servent à toutes les espèces faunistiques et floristiques, qui :

  • soit constituent un maillon de la chaîne alimentaire (diatomées, invertébrés, etc.), pour les poissons notamment ;
  • soit constituent un support pour une phase du cycle de vie d’espèces non aquatiques une fois adultes (larves de libellule, par exemple).

La préservation et la restauration de cette diversité d’habitats est indispensable à la préservation ou la restauration de la diversité des espèces aquatiques et des autres espèces dépendantes du fonctionnement naturel des cours d’eau (milieux terrestres, milieux humides).

Libre circulation d’un habitat à l’autre

Le cycle biologique nécessite des migrations vers l’amont et vers l’aval des cours d’eau sur un linéaire allant de quelques centaines de mètres pour certaines espèces d’eau douce (holobiotiques) à plusieurs centaines de kilomètres pour les grands migrateurs amphihalins qui vivent alternativement en eau douce et en eau salée (saumon, anguille, alose, lamproie, etc.). Certaines espèces, comme le brochet, se reproduisent en dehors du lit mineur, dans des annexes latérales (appelées selon les régions : lônes, noues, boires, bras morts) alimentées en eau et connectées au cours d’eau notamment par la nappe ou par débordement de crues.

Variabilité hydrologique

La vie aquatique s’organise également verticalement en fonction des fréquences et des durées de submersion, de manière fortement liée au régime hydrologique du cours d’eau et à ses variations saisonnières des débits, donc des écoulements. Les milieux et les espèces ont besoin de ces variations des niveaux d’eau en fonction des saisons et des évènements hydrologiques (hautes eaux ou crues et basses eaux ou étiages) pour se développer. La diversité des milieux aquatiques est principalement liée au fonctionnement hydrologique qui les façonne. Toute perturbation du régime hydrologique naturel d’un cours d’eau aura indubitablement des conséquences sur les milieux, la faune, la flore et les sociétés humaines.

Zones refuges

Il est également fondamental de permettre aux poissons de circuler suffisamment librement pour qu’ils puissent s’échapper vers des affluents, par exemple en cas de pollution accidentelle, ou trouver refuge dans des trous d’eau l’été ou en cas de sécheresse. Leur possibilité de déplacement d’un cours d’eau ou d’un tronçon de cours d’eau à l’autre est également indispensable à moyen et long termes pour assurer un brassage génétique suffisant, pour une meilleure résistance aux périodes critiques et pour améliorer leurs capacités d’adaptation, notamment au changement climatique. Aussi, même les poissons migrant sur une faible distance ne doivent pas être bloqués dans des tronçons trop restreints de cours d’eau.

Impacts des seuils, des barrages et autres obstacles transversaux

La présence d’ouvrages transversaux (seuils, barrages, buses…) dans le lit mineur entraîne la segmentation du cours d’eau qui influe directement sur la quantité, la diversité et la qualité des espèces aquatiques présentes dans le cours d’eau, en créant des chutes artificielles plus ou moins infranchissables si elles ne sont pas gérées ou aménagées de manière adéquate.

Ces ouvrages, en créant un obstacle à la continuité écologique plus ou moins important en fonction de leur hauteur, de leur conception, de leur nombre cumulé et des espèces concernées, ont pour conséquence de réduire, retarder, voire supprimer les possibilités de migration de ces espèces, et par conséquent leurs possibilités d’accomplir entièrement leur cycle de vie.

Cet impact est notablement accru sur les rivières empruntées par les migrateurs amphihalins (anguille, saumon, etc.), pour lesquels le cumul d’ouvrages à franchir est un facteur particulièrement aggravant (retards dans les migrations que cela soit pour rejoindre les frayères ou pour repartir en mer, pourcentages de pertes qui s’additionnent à chaque barrage, blessures éventuelles liées au franchissement, proie plus facile pour les prédateurs…). Par exemple, si 1 000 anguilles doivent franchir une série de 20 turbines ayant chacune un taux de mortalité de 10 %, seulement 121 anguilles atteindront la mer.

Les ouvrages limitent également les échanges entre différentes populations, ce qui peut entraîner une perte de la diversité génétique au sein des différents groupes ainsi isolés. Ceci peut, à terme, compromettre les capacités d’adaptation de ces populations.

Impacts sur le transport sédimentaire

La préservation de la faune aquatique nécessite d’assurer la présence, la diversité, la régénération ou la restauration de leurs différents lieux de reproduction, de croissance, d’alimentation et de repos, qui sont étroitement liées, entre autres, au bon fonctionnement du mécanisme naturel de transport des sédiments, lui-même lié au régime d’écoulement des eaux (variations des débits et des vitesses).

Le stockage des sédiments à l’amont d’une retenue peut entraîner des phénomènes d’érosion à l’aval, car le cours d’eau compense la perte de sédiments, qui ralentissent normalement sa course, en rognant les berges ou en incisant le fond du lit.

Lorsque ces ouvrages sont associés à une prise d’eau prélevant ou dérivant de manière constante sur un tronçon donné la majeure partie du débit du cours d’eau (comme pour une production hydroélectrique), ils contribuent à l’uniformisation du débit laissé à l’aval, à un niveau très faible sur une très grande partie de l’année en réduisant la fréquence des variations de débits et des crues morphogènes indispensables au transport des sédiments. Ils peuvent entraîner l’accumulation, et la fixation par végétalisation, de sédiments sur certains tronçons, réduisant alors la section d’écoulement du lit mineur et aggravant les conséquences des crues lorsqu’elles surviennent.

Ces impacts modifient l’hydromorphologie des cours d’eau à l’aval des ouvrages et peuvent ainsi entraîner une modification des habitats, compromettant la préservation de la faune présente. Ce phénomène est particulièrement sensible pour certaines espèces de poissons (comme les salmonidés) dont la reproduction dépend de la taille des cailloux se trouvant dans le lit du cours d’eau.

Impacts liés à la création de retenues d’eau

La présence, en plus ou moins grand nombre, d’ouvrages transversaux créant des ruptures dans la continuité de la rivière influe sur les vitesses d’écoulement des eaux, transformant les eaux courantes en une succession de plans d’eau stagnante.

Ces phénomènes de retenue ont des effets négatifs sur la température des eaux, sur la concentration des polluants et des charges nutritives, sur la teneur en oxygène liée à l’eutrophisation et, dans une certaine mesure, sur la quantité d’eau à l’étiage liée à l’évaporation plus forte des eaux stagnantes l’été. Elles ont également pour effet, bien souvent, de faire disparaître des zones d’habitats ou de frayères que le cours d’eau offrait en les noyant sous le plan d’eau.

Ces effets ont pour conséquence de dégrader la qualité des milieux de vie des espèces aquatiques, d’appauvrir leur diversité en favorisant certaines classes d’âge ou certaines espèces adaptées aux plans d’eau et aux eaux stagnantes, en contradiction avec la situation qui permettrait de justifier le bon état écologique d’un cours d’eau.

Attention - Les seuils et barrages ne sont pas les seuls ouvrages pouvant constituer un obstacle à la continuité écologique longitudinale. Certains autres ouvrages de type buses de franchissement impliquent un rétrécissement du lit et peuvent créer une chute infranchissable pour les poissons lorsqu’ils sont mal dimensionnés ou mal implantés dans le fond du lit. Tous les aménagements liés au franchissement routier des cours d’eau peuvent donc avoir un impact sur celui-ci.

Obligations européennes et internationales en matière de bon état des cours d’eau et de biodiversité

Services écosystémiques rendus par les cours d’eau

Les pays européens se sont fixé une obligation de les remettre en bon état pour rétablir la biodiversité aquatique dans les cours d’eau, mais aussi pour bénéficier à nouveau des services gratuits qu’un cours d’eau en bon état peut rendre dans de nombreux domaines. Par exemple :

  • l’épuration des eaux usées : un cours d’eau qui fonctionne bien ne stagne pas, sa course varie entre hautes et basses eaux, ce qui lui permet de jouer un rôle important dans l’épuration de l’eau, et ce, à un coût bien inférieur aux aménagements qu’il faudrait faire sur une station d’épuration pour qu’elle atteigne un niveau d’épuration équivalent ;
  • le ralentissement des écoulements en crue : un cours d’eau qui fonctionne bien divague dans certains secteurs et prend son temps pour s’écouler, érodant et transportant des sédiments qui alourdissent l’eau et ralentissent son écoulement. Les formes fluviales construites sur les sédiments et la végétation alluviale contribuent à ralentir la dynamique des crues par dissipation et frottement ;
  • l’expansion des crues : un cours d’eau qui fonctionne bien s’étalent latéralement dans certains secteurs où il est connecté avec ses annexes hydrauliques ou avec des zones humides qui peuvent absorber les eaux de crues. Les eaux arrivent en moindre quantité et moins vite sur les zones urbanisées, qui ont moins besoin de se protéger par de coûteux aménagements.

C’est pour retrouver ces services gratuits que la directive-cadre sur l’eau a été lancée, sur le constat que nous étions allés trop loin dans l’artificialisation des cours d’eau, leur endiguement et leur segmentation, dans les pollutions et dans les prélèvements. Elle a pris comme indicateur de résultat les espèces biologiques (les bonnes espèces au bon endroit) car leur présence et leur abondance est une indication que le cours d’eau fonctionne suffisamment bien pour rendre les services gratuits attendus.

La directive-cadre sur l’eau fixe un objectif d’atteinte du bon état écologique des cours d’eau, en 2015, sauf dérogation dûment justifiée, avec des possibilités de report à 2021 ou 2027, lui aussi dûment justifié. Les actions pour atteindre ces objectifs sont réalisées notamment par les 10 schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE), avec un SDAGE par grand bassin hydrographique.

Qu’est-ce que le bon état écologique ?

L’état écologique repose sur une évaluation de la diversité et de l’abondance des éléments biologiques présents dans le cours d’eau, réalisée par rapport à une situation de référence (milieux du même type non perturbés).

Les éléments biologiques sont constitués de :

  • la flore (macrophytes, phytoplanctons et diatomées) ;
  • la faune invertébrée benthique (qui vit au fond du lit) ;
  • les poissons (pour ces derniers, la répartition par classe d’âge est également un élément d’évaluation, en plus de leur diversité et de leur quantité).

La qualité biologique est soutenue par des éléments de qualité hydromorphologique et de qualité physico-chimique, qui entrent en compte dans l’évaluation finale.

La qualité hydromorphologique dépend du niveau de perturbation :

  • du régime hydrologique (quantité et dynamique des débits, connexion aux nappes souterraines) ;
  • de la continuité de la rivière dont la qualité s’évalue en fonction du niveau de liberté de circulation des organismes aquatiques et du transport des sédiments (supports de la diversité d’habitats) ;
  • de la morphologie du lit (types de chenaux, largeur et profondeur du lit, état du substrat, structure et état des berges).

La qualité physico-chimique dépend :

  • du niveau de perturbation de la température, de l’oxygène, de l’acidité, de la salinité, de la concentration en nutriments ;
  • de la présence de certains polluants spécifiques.

Au-delà des apports extérieurs, cette qualité physico-chimique dépend elle-même très fortement de la qualité hydromorphologique.

Tous les éléments de qualité (écologique, hydromorphologique et physico-chimique) interagissent. Ainsi, l’hydromorphologie de la rivière est le vrai cœur de la qualité écologique des cours d’eau, car elle influe sur l’ensemble des autres éléments que sont la quantité d’eau, la variation des débits, la régénération d’habitats diversifiés, l’autoépuration, la température, etc. Plus l’hydromorphologie (débits, continuité, faciès du lit) est améliorée, plus on se donne les moyens d’atteindre le bon état écologique.

Comment réduire les pressions sur les cours d’eau ?

Dans la majorité des États membres, les pressions hydromorphologiques comme la fragmentation ou la canalisation des cours d’eau, ainsi que les pollutions diffuses sont, à égalité, les premières causes de non atteinte du bon état écologique, selon les états des lieux réalisés en 2004 puis en 2009. Au vu de ces résultats, la Commission européenne a établi en 2012 un plan de sauvegarde des ressources en eau de l’Europe, appelé Blue Print, qui vise à améliorer la mise en œuvre de la politique de l’eau, notamment par une meilleure intégration des objectifs dans les politiques sectorielles exerçant des pressions sur cette ressource. Ce plan met en avant l’importance des pressions hydromorphologiques dans l’état écologique des cours d’eau et la nécessité de leur atténuation, notamment par le rétablissement de la continuité écologique.

Pour réduire les pressions sur les cours d’eau, l’intervention s’effectue au niveau des sources des problèmes :

  • 1re étape : identification des sources par un diagnostic, un état des lieux. L’hydromorphologie devient un levier d’action parmi d’autres pour atteindre le bon état et retrouver les services rendus par le fonctionnement des cours d’eau ;
  • 2e étape : restauration physique des cours d’eau en incluant la restauration hydromorphologique, la restauration des continuités écologiques, la restauration des milieux humides… Ce moyen opérationnel repose sur des objectifs et des outils réglementaires.

Attention - Restaurer ne signifie pas revenir à un état de référence rêvé, mais plutôt réhabiliter ou recréer des fonctionnalités naturelles (processus et fonctions) et des services rendus par le cours d’eau, en tenant compte des caractéristiques physiques du cours d’eau (taille du bassin versant, géométrie, contexte hydro-sédimentaire…), des usages et des besoins contemporains (projet de territoire, de vallée…)

Politique de préservation et de restauration des cours d’eau

Classement des cours d’eau

Avant 2006, deux types de classements de cours d’eau existaient :

  • l’un au titre de l’article 2 de la loi de 1919, modifié en 1980, communément appelé classement en rivières réservées, qui interdisait la création de toute nouvelle centrale hydroélectrique ;
  • l’autre au titre de l’article L. 432-6 du code de l’environnement, issu de la loi du 31 mai 1865 relative à la pêche complétée en 1984, communément appelé classement passes à poissons.

La loi sur l’eau et les milieux aquatiques (LEMA) du 30 décembre 2006 a permis de réviser ces classements de manière à en faire des outils pour le respect des objectifs d’atteinte du bon état et de non-dégradation de la directive-cadre sur l’eau et de préservation et restauration des migrateurs amphihalins.

Depuis 2006, ces nouveaux classements sont inscrits à l’article L. 214-17 du code de l’environnement et sont répartis en deux listes.

Liste 1 : le classement des cours d’eau au titre du 1° de cet article est communément appelé classement en liste 1. Il se fait parmi les rivières :

  • en très bon état écologique ;
  • ou identifiées par les SDAGE comme jouant le rôle de réservoir biologique nécessaire au maintien ou à l’atteinte du bon état écologique des cours d’eau d’un bassin versant ;
  • ou dans lesquelles une protection complète des poissons migrateurs amphihalins est nécessaire.

Sur les cours d’eau en liste 1, la construction d’un nouvel obstacle à la continuité écologique ne peut pas être autorisée et le renouvellement de l’existant est subordonné à des prescriptions permettant de respecter ces trois critères précédemment cités.

Liste 2 : le classement des cours d’eau au titre du 2° de cet article est communément appelé classement en liste 2. Il se fait parmi les cours d’eau dans lesquels il est nécessaire d’assurer un transport suffisant des sédiments et la circulation des poissons migrateurs. Les poissons migrateurs ne se limitent pas ici aux seuls migrateurs amphihalins, mais bien à tous les poissons qui effectuent une migration entre différents lieux d’habitats, notamment de reproduction (comme la truite, le brochet, le chabot, etc.).

Sur les cours d’eau en liste 2, tout ouvrage doit être géré, entretenu et équipé pour assurer la continuité écologique dans les 5 ans après la publication de la liste 2.

Un plan national d’actions pour la restauration de la continuité écologique des cours d’eau (Parce) a été lancé le 13 novembre 2009 et formalisé dans une circulaire en date du 25 janvier 2010. Depuis 2012, le Parce a comme priorité d’action la mise en œuvre des obligations liées aux classements de cours d’eau.

Les fiches annexées à la circulaire du 25 janvier 2010 précisent les conditions de mise en œuvre de la police de l’eau pour la restauration de la continuité écologique :

  • fiche n° 1 : textes applicables ;
  • fiche n° 2 : type d’intervention ;
  • fiche n° 3 : détermination du caractère autorisé ou non d’un ouvrage ;
  • fiche n° 4 : actions sur les ouvrages non autorisés ;
  • fiche n° 5 : retrait d’autorisation ;
  • fiche n° 6 : actions sur les fondés en titre et autres autorisations perpétuelles ;
  • fiche n° 7 : cas des ouvrages sur le DPF ;
  • fiche n° 8 : maîtrise d’ouvrage publique.

La mise en œuvre des mesures administratives nécessaires à la restauration de la continuité écologique s’appuie sur le cadre général de la police de l’eau.

La circulaire du 18 janvier 2013 précise les conditions de mise en œuvre des restrictions imposées aux obstacles à la continuité écologique en liste 1 et des obligations d’aménagement des ouvrages en liste 2.

L’article 120 de la loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages accorde aux propriétaires des ouvrages situés sur des cours d’eau classés en liste 2 un délai supplémentaire de 5 ans à partir de la date d’échéance du délai initial pour réaliser les travaux, si un dossier relatif aux propositions d’aménagement ou de changement de modalités de gestion de l’ouvrage a été déposé auprès de l’administration avant l’échéance initiale.

Une note technique, en date du 6 juin 2017, précise les modalités de mise en œuvre de ce délai et les grands principes des suites à donner aux actions de mise en conformité pour les ouvrages qui ne bénéficieraient pas du nouveau délai.

Compte tenu des tensions constatées sur le terrain, un groupe de travail a été constitué en 2017 au sein du comité national de l’eau (CNE) associant les fédérations de défense des moulins et l’association des riverains de France afin de trouver des pistes d’évolution de la politique de restauration de la continuité écologique des cours d’eau. Un séminaire scientifique représentant plusieurs disciplines (écologie, biologie, hydrologie, géographie environnementale, géomorphologie fluviale) a été organisé en avril 2018 pour éclairer les discussions et les débats au sein de ce groupe de travail.

Un « plan d’action pour une mise en œuvre apaisée de la continuité écologique » a été élaboré et validé par le ministre.

Arrêtés de classement des cours d’eau

La procédure de classement est menée par le préfet coordonnateur de bassin. Les arrêtés de classement ont été signés sur les bassins Loire-Bretagne, Seine-Normandie, Artois-Picardie, Rhin-Meuse, Rhône-Méditerranée, Adour-Garonne, Martinique, Corse, Guadeloupe et La Réunion.

Obstacles à la continuité écologique dans le champ d’application de la police de l’eau

Dans le cadre de la police de l’eau (articles L. 214-1 et suivants du code de l’environnement), certains IOTA (installations, ouvrages, travaux et activités) sont soumis à autorisation ou à déclaration. Les obstacles à la continuité écologique entrent dans ce cadre (rubrique 3.1.1.0. de la nomenclature annexée à l’article R. 214-1 du code de l’environnement). La construction d’un nouvel ouvrage doit donc faire l’objet d’une procédure de ce type.

Pour les ouvrages existants, le préfet peut imposer la réalisation d’études ou de travaux, ainsi que la mise en œuvre de mesures de gestion. Il peut également, dans certains cas, retirer des autorisations et ordonner la remise en état du cours d’eau (article L. 214-4-II du code de l’environnement).

La restauration de la continuité écologique faisant partie des intérêts de la gestion équilibrée de l’eau énumérés à l’article L. 211-1 du code de l’environnement, la prescription de mesures dans cet objectif n’est pas limitée aux seuls ouvrages se trouvant sur des cours d’eau classés. Les classements de cours d’eau en liste 2 constituent seulement un programme obligatoire et à échéance de 5 ans de restauration de la continuité écologique sur des tronçons donnés.

Les autorisations, déclarations, modifications importantes des seuils et barrages en rivières, ainsi que la remise en exploitation des anciennes installations de type moulins ou petites usines du xixe siècle, de moins de 150 kW, sont encadrées, notamment par l’arrêté du 11 septembre 2015 fixant les prescriptions techniques générales de la rubrique 3.1.1.0.

Trame verte et bleue

Les lois de 2009 et 2010 relatives à la mise en œuvre du Grenelle de l’environnement ont créé le concept de trame verte et bleue (TVB) à mettre en place sur tout le territoire français à travers des schémas régionaux de cohérence écologique, afin de préserver et restaurer les continuités écologiques terrestres et aquatiques. Les classements de cours d’eau au titre du L. 214-17 du code de l’environnement forment le socle principal de la composante bleue de la trame verte et bleue.

Restauration de la continuité écologique : avantages et limites

La restauration de la continuité écologique peut se penser à plusieurs échelles. Un maître d’ouvrage seul peut s’occuper de l’aménagement ou de la modification de son seul ouvrage. Cependant, il est plus facile et plus pertinent d’opérer à l’échelle du cours d’eau, afin de mieux cibler les ouvrages sur lesquels il est le plus important d’agir et de décider globalement des interventions les plus adaptées au contexte écologique, technique, socio-économique, etc.

À l’échelle d’un ouvrage, la continuité écologique peut être améliorée de différentes manières : en supprimant l’ouvrage, en réduisant sa hauteur, en créant des brèches, en installant des dispositifs de franchissement par les poissons migrateurs (tant à la montaison qu’à la dévalaison), en mettant en œuvre des mesures de gestion. Aucune solution n’est définie à l’avance et par principe. La solution recherchée doit apporter le meilleur gain écologique tout en tenant compte du rapport coût-bénéfice et des différentes dimensions liées notamment à la sécurité, aux usages associés, au paysage fluvial et au patrimoine. Il s’agit bien de décider des interventions au cas par cas sur la base d’un diagnostic de l’impact de l’ouvrage et de différents scénarios possibles pour réduire voire supprimer cet impact.

Sur les plans écologique et fonctionnels, il est important de signaler que le gain apporté à la continuité et à l’hydromorphologie du cours d’eau, et donc à l’atteinte du bon état écologique, par la suppression totale ou quasi totale d’un ouvrage, est sans commune mesure avec les autres types d’interventions. En effet, il s’agit de la seule mesure qui permette de restaurer à 100 % la continuité sur le tronçon de cours d’eau influencé et d’améliorer le nombre et la diversité des habitats. C’est pourquoi cette solution est souvent mise en avant par les acteurs de la restauration de la continuité pour qu’elle puisse être étudiée et adoptée à chaque fois que cela est possible.

Limiter les interventions de restauration de la continuité écologique à la seule construction systématique de passes à poissons ou à l’ouverture des vannes sur tous les ouvrages existants n’est objectivement pas suffisant pour améliorer la qualité hydromorphologique des cours d’eau à un niveau permettant d’atteindre le bon état.

Une passe à poissons, aussi efficace soit-elle, ne permet que de faire passer une partie des poissons, une partie du temps. Elle n’apporte aucune amélioration en matière de diversification d’habitats dans le tronçon noyé par la retenue créée par l’ouvrage à l’amont. Elle ne résout pas les problèmes de retards et de blessures liés au cumul d’ouvrages à franchir par les migrateurs amphihalins.

Compte-tenu du nombre très important d’ouvrages dans les lits mineurs des cours d’eau (plus de 80 000 recensés officiellement en 2015) et du niveau de segmentation des cours d’eau et d’artificialisation de leur pente qui en découle, un certain nombre d’ouvrages existants sont à supprimer pour envisager d’atteindre le bon état. Pour cela, il est nécessaire de bien étudier l’intérêt du maintien des ouvrages dès lors qu’ils n’ont pas un usage bien défini et souvent pas de gestionnaire.

Les travaux de mise aux normes des ouvrages sur les cours d’eau classés en liste 2 peuvent bénéficier de subventions publiques plus ou moins importantes, de la part des agences de l’eau notamment, mais aussi du Feder, du conseil régional ou des collectivités territoriales. Les subventions des agences de l’eau peuvent aller de 30 % à 80 %, et parfois même 100 % en fonction de l’aménagement prévu (passe à poissons ou effacement partiel ou total) et de l’usage économique ou non de l’ouvrage (hydroélectricité, etc.).

Attention - Plus de 80 000 ouvrages ont été recensés en 2015 dans la base de données nationale (ROE). Il s’agit avant tout d’un inventaire de connaissance des ouvrages en lit mineur, en aucun cas d’une volumétrie d’ouvrages sur lesquels intervenir. Environ 15 000 ouvrages sont situés en liste 2, soit un ouvrage tous les deux kilomètres. Les solutions à envisager se font de ce fait au cas par cas afin de prendre en compte les enjeux, les gains potentiels, les usages et le contexte géographique, c’est-à-dire en replaçant chaque ouvrage dans son linéaire fluvial et dans son bassin versant.

Mesures de gestion

En quoi cela consiste ?

Ouverture régulière des vannes des ouvrages.

Quand est-ce adapté, dans quelles conditions ?
  • Dès lors qu’un ouvrage est muni de vannages, en particulier dans les cas de successions d’ouvrages de type moulins qui ont transformé un long linéaire de cours d’eau en un linéaire de biefs.
  • Essentiellement sur des cours d’eau à espèces holobiotiques qui ont a priori besoin de moins circuler que les grands migrateurs.
  • Nécessité d’avoir un gestionnaire présent sur place suffisamment souvent pour intervenir.
  • Nécessité d’assurer une gestion coordonnée de ces ouvertures en cas de successions d’ouvrages.
  • Précautions à prendre avant les premières réouvertures, vis-à-vis du relargage potentiel à l’aval des sédiments bloqués dans la retenue.
Quels avantages ?
  • Relativement facile, rapide à mettre en œuvre, peu coûteux.
  • Répond en partie à l’obligation d’assurer un transport suffisant des sédiments.
  • Permet de soumettre de nouveau le lit et les berges à des fluctuations de débits de façon progressive.
Quelles limites ?
  • De telles mesures de gestion apportent assurément des améliorations, mais elles restent minimales et sont rarement suffisantes.
  • Peu efficace pour la circulation des poissons comme pour le transport sédimentaire, dès lors que les vannages sont positionnés sur un seuil fixe en fond de lit qui constitue à lui-seul un obstacle à la continuité ; des mesures supplémentaires sur ce seuil seront en général nécessaires.
  • La concentration du débit à travers le vannage rend souvent difficile le franchissement par les poissons (débit trop puissant).
  • Ne réduit pas l’effet de cumul d’obstacles préjudiciable aux grands migrateurs ; en conséquence, très mal adapté sur les cours d’eau empruntés par ces espèces.
  • Peut ne pas apporter d’amélioration notable sur le transport sédimentaire dans certains cas de figure (faible puissance du cours d’eau, taille de la retenue trop importante, régimes hydrologiques trop perturbés, etc.).
  • Efficacité très dépendante d’un respect collectif des règles et d’une bonne information régulière des propriétaires ou gestionnaires (notamment en cas de changement).
  • Aucune amélioration qualitative ni quantitative des habitats, en particulier dans le cas d’une succession d’ouvrages ; la rivière est toujours en biefs, c'est-à-dire en marches d’escalier formées par la succession de plans d’eau.
Bilan

Solution facile et peu coûteuse mais très partielle, qu’il est nécessaire, en général, d’accompagner de mesures complémentaires.

Dispositifs de franchissement

En quoi cela consiste ?
  • Assurer le franchissement de l’ouvrage par les poissons, à la montaison, en installant sur l’ouvrage ou sur l’usine, en dérivation, une passe à poissons ou un ascenseur ou en aménageant, entre l’amont et l’aval, sur le terrain à côté de l’ouvrage, une rivière de contournement à pente douce.
  • Assurer la dévalaison avec le moins de mortalité possible, en aménageant, lorsque c’est nécessaire, des dispositifs empêchant l’entraînement des espèces vers un danger mortel (turbine ou conduite forcée, chute de très grande hauteur), accompagnés de dispositifs les conduisant vers un exutoire sécurisé.
Quand est-ce adapté, dans quelles conditions ?
  • Pour les ouvrages d’une certaine hauteur qui doivent être maintenus.
  • Les dispositifs de dévalaison doivent être mis en place dès lors que l’ouvrage et son exploitation font courir un risque mortel aux espèces dévalantes.
  • Lorsqu’il y a un gestionnaire disponible avec les capacités techniques et financières pour mettre en place et gérer de manière pérenne de tels dispositifs.
  • Pour les rivières de contournement, à chaque fois qu’il y a une facilité d’acquisition foncière latéralement à l’ouvrage et une faible hauteur d’ouvrage, car plus la chute à franchir est élevée plus le contournement sera long pour assurer une pente suffisamment douce.
Quel avantage ?

Permet de concilier le maintien de l’ouvrage avec un certain niveau de restauration de la circulation piscicole.

Quelles limites ?
  • En général, les dispositifs de franchissement, pour être efficaces, coûtent cher à construire.
  • Nombreuses contraintes techniques pour assurer un niveau d’efficacité suffisant (contraintes des caractéristiques de l’ouvrage existant et du site, des débits d’attrait vers la passe, de la conciliation des différentes capacités de nage et de franchissement des espèces présentes, etc.).
  • Contrainte foncière forte en cas de rivière de contournement et parfois même pour les dispositifs de passes à poissons (implantation de la passe à poissons ou de prébarrages pour des passes plus rustiques, sur la propriété d’autrui, etc.).
  • Nécessite une surveillance et un entretien permanents pour en maintenir le bon fonctionnement ; nécessite parfois des travaux de réajustements après la mise en service de la passe, ou au fil de la vie de l’ouvrage, qui peuvent s’avérer coûteux.
  • Effet partiel sur la restauration de la continuité écologique : le dispositif de franchissement n’assure que le passage d’une partie des poissons ; il demeure nécessaire d’assurer, en plus, une solution pour le transport sédimentaire, qui dans certains cas peut également nécessiter des travaux substantiels d’aménagement de l’ouvrage.
  • Aucun gain en matière de restauration d’habitats dans la zone de remous de la retenue et agit donc beaucoup moins sur l’amélioration du bon état écologique qu’un effacement total ou partiel.
  • Faible influence sur les impacts liés au cumul d’obstacles préjudiciables aux grands migrateurs.

L’Agence française pour la biodiversité a mis en place une plateforme pour aider les acteurs de la gestion des milieux aquatiques à mener de tels projets en facilitant l’accès aux informations opérationnelles. L’Agence anime le Centre national de restauration des rivières (CNRR) pour favoriser les échanges et améliorer les pratiques sur cette thématique.

Poissons migrateurs amphihalins

Les poissons grands migrateurs ou amphihalins, tels que le saumon, l’esturgeon ou l’anguille, sont en déclin. L’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) réalise une liste rouge des poissons d’eau douce menacés en France et dans le monde : par exemple, l’esturgeon européen et l’anguille européenne y sont classés en danger critique d’extinction en France et dans le monde, et le saumon Atlantique est classé vulnérable en France.

Ces espèces sont des symboles forts de la richesse biologique des milieux aquatiques, au croisement des domaines de l’eau et de la biodiversité. Leurs populations sont en déclin depuis plusieurs décennies, ce qui a conduit à une mobilisation internationale au titre des espèces menacées. Les causes sont le plus souvent connues : perte ou le fractionnement de leurs habitats, pollution, surexploitation des ressources halieutiques par la pêche, etc.

Politique de préservation et de gestion des poissons migrateurs

Plusieurs mesures de gestion ont été mises en place pour la sauvegarde des poissons grands migrateurs : elles se déclinent à trois échelles, internationale, nationale et locale.

Gestion internationale

L’État français s’est engagé, via de nombreuses conventions, dans la protection et la gestion des espèces amphihalines à l’échelle internationale. De ce fait, les populations piscicoles amphihalines sont protégées, de façon directe ou indirecte, par plusieurs mesures réglementaires au niveau international :

  • la directive-cadre sur l’eau (2000/60/CE) fixe, au niveau européen, des objectifs ambitieux pour la préservation et la restauration de l’état des eaux superficielles et souterraines. Elle constitue un levier important pour reconstituer les populations de poissons migrateurs, à la fois bénéficiaires et indicateurs de l’état des cours d’eau ;
  • le règlement anguille (CE) n° 1100/2007 établit, pour les États membres de l’Union européenne, un cadre pour la protection et l’exploitation durable du stock d’anguilles européennes de l’espèce Anguilla anguilla ;
  • des conventions, communautaires et internationales participent également à la protection des espèces amphihalines, comme la convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvage (Cites).

Gestion nationale

Cette problématique se situe à la croisée de nos engagements communautaires, en particulier la directive-cadre sur l’eau, les directives habitats-faune-flore, et le règlement anguille, mais aussi nationaux, avec le chantier ambitieux de la trame verte et bleue, des classements de cours d’eau et du plan de restauration de la continuité écologique.

Pour protéger ces poissons migrateurs amphihalins, une stratégie a été élaborée avec la mise en place d’une démarche participative incluant l’ensemble des acteurs concernés par la gestion des poissons migrateurs (établissement public territorial de bassin, associations de protection de l’environnement, hydroélectriciens, pêcheurs professionnels et de loisir, services administratifs, etc.). Cette stratégie nationale de gestion des poissons migrateurs (Stranapomi), finalisée le 14 décembre 2010, vise à préserver et restaurer les principales espèces amphihalines en s’efforçant de concilier ses actions avec les activités économiques associées.

Les quatre axes de cette stratégie sont :

  • préserver et restaurer les populations et leurs habitats ;
  • rénover la gouvernance de la politique de gestion des poissons migrateurs ;
  • renforcer l’acquisition des connaissances, le suivi et l’évaluation ;
  • développer le partage d’expériences, la communication et la formation autour des problématiques migrateurs.

Ceux-ci fixent les grandes orientations à mettre en œuvre dans les bassins pour assurer l’avenir des populations de poissons migrateurs dans nos cours d’eau.

Les poissons migrateurs amphihalins sont protégés de manière réglementaires avec les textes suivants :

  • arrêté du 8 décembre 1988 fixant la liste des espèces de poissons protégées sur l’ensemble du territoire national sur laquelle figurent la lamproie marine (Petromyzon marinus), la lamproie fluviatile (Lampetra fluviatilis), le saumon atlantique (Salmo salar), la truite de mer (Salmo trutta), la grande alose (Alosa alosa) et l’alose feinte (Alosa fallax) ;
  • articles 44 à 68 du R. 436-44 du code de l’environnement établissant le cadre relatif à la pêche des poissons migrateurs amphihalins appartenant aux espèces vivant alternativement dans les eaux douces et dans les eaux salées. Cela s’applique aux cours d’eau et aux canaux affluant à la mer, à leurs affluents et sous-affluents ainsi qu’aux plans d’eau avec lesquels ils communiquent, dans la mesure où s’y trouvent des poissons migrateurs amphihalins appartenant aux espèces suivantes : saumon atlantique (Salmo trutta), grande alose (Alosa alosa), alose feinte (Alosa fallax), lamproie marine (Petromyzon marinus), lamproie fluviatile (Lampetra fluviatilis), anguille (Anguilla anguilla) et truite de mer (Salmo trutta) ;
  • article L. 214-17 du code de l’environnement avec les cours d’eau classés, détaillés dans la partie concernant la politique de restauration des rivières.

La politique de restauration des poissons migrateurs doit permettre :

  • le développement des connaissances sur ces espèces (reproduction, croissance, etc.) ;
  • l’amélioration de la circulation tant à la montaison qu’à la dévalaison ;
  • la lutte contre la pollution et le braconnage ;
  • la sensibilisation du public à l’intérêt de ce patrimoine.

Cette politique de restauration des espèces migratrices est un des fondements majeurs de la politique de restauration de la continuité écologique des cours d’eau. Elle nécessite la concertation et la collaboration des différents acteurs impliquée dans le domaine de l’eau et ceci à tous les niveaux.

Gestion locale

Les schémas d’aménagement et de gestion des eaux (Sdage) définissent les principes de protection des cours d’eau et des bassins versants et ils traitent des zones humides, plans d’eau, cours d’eau et eaux souterraines, ainsi que de la faune piscicole et des poissons migrateurs. Le Sdage fixe les grandes orientations relatives aux poissons migrateurs en tenant compte de la stratégie nationale de gestion des poissons migrateurs (Stranapomi).

La gestion des poissons migrateurs à l’échelle des grands bassins fluviaux est assurée localement par les comités de gestion des poissons migrateurs (Cogepomi) dont la composition est fixée par arrêté préfectoral et qui regroupent l’ensemble des acteurs concernés. Ils mettent en place des plans de gestion des poissons migrateurs (Plagepomi) qui fixent pour 6 ans les mesures utiles à la reproduction, au développement, à la conservation et à la circulation des espèces, les plans de soutien d’effectifs ainsi que les conditions d’exercice de la pêche dans leurs bassins respectifs de manière compatible avec le Sdage.

Pour les espèces non gérées par les comités de gestion des poissons migrateurs, les plans de restauration et de gestion devront être compatibles avec les Sdage ou rendus compatibles.

L’anguille européenne et, dans une moindre mesure, le saumon atlantique et l’esturgeon européen disposent de leur propre plan national de gestion.

Espèces emblématiques

Esturgeon européen

L’esturgeon européen (Acipenser sturio) est une espèce strictement protégée par des accords, directives, conventions et accords internationaux (Cites, convention de Berne) et européens (habitats, faune, flore, Ospar). La convention de Berne a adopté un plan d’action pour sa conservation et sa restauration en 2007. Ce plan implique l’ensemble des pays signataires couvrant l’aire de répartition – historique et actuelle – de l’esturgeon européen : la France a élaboré un plan national d’actions en faveur de l’espèce. L’esturgeon européen est classé en danger critique d’extinction sur la liste rouge des espèces menacées de l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN).

L’arrêté du 20 décembre 2004 relatif à la protection de l’espèce fait suite à l’arrêté du 25 janvier 1982 qui interdit la pêche et la vente de l’esturgeon européen en France. Il étend cette protection aux habitats particuliers de l’espèce en interdisant leur destruction et leur dégradation. En dépit de son statut d’espèce protégée en France depuis 1982 et en Europe depuis 1998, la dernière population d’esturgeon européen qui se reproduit dans le bassin Gironde, Garonne, Dordogne et se distribue en mer, du golfe de Gascogne jusqu’en mer du Nord, n’a cessé de décliner. Aujourd’hui, il ne reste que quelques milliers d’individus, tous originaires de la Gironde. Néanmoins, la réussite de la première reproduction artificielle obtenue en juin 2007 à partir de spécimens élevés en captivité à la station de l’Irstea à Saint-Seurin-sur-l’Isle, en Gironde, a fait renaître un espoir pour l’avenir de cette espèce.

Compte tenu des caractéristiques biologiques de l’esturgeon européen et du contexte administratif et réglementaire, la gestion de cette espèce doit être envisagée en considérant trois niveaux d’intervention :

  • niveau européen, de par l’étendue de l’aire de répartition marine de l’esturgeon européen ;
  • niveau national, compte tenu de la fraction continentale relique occupée par cette espèce ;
  • niveau local, car le bassin Gironde, Garonne, Dordogne est le premier territoire d’application du plan national d’actions.

Le plan national d’actions de l’esturgeon européen visant à la restauration de cette espèce a pour objectifs principaux :

  • la conservation et restauration de l’espèce ;
  • la protection des habitats estuariens et fluviaux et le maintien de la libre circulation de l’espèce ;
  • l’optimisation de l’application de la police de la pêche, en eau douce et en mer ;
  • le suivi, l’évaluation et la recherche afin de développer et d’améliorer les méthodes de conservation de l’espèce.

Anguille européenne

L’anguille européenne (Anguilla anguilla) est un poisson amphihalin qui doit traverser l’océan Atlantique pour se reproduire en mer des Sargasses (zone de l’océan Atlantique nord). Transportées par le Gulf Stream, les larves vont ensuite faire le chemin inverse pour arriver sur les côtes européennes où elles vont se transformer en civelles. Au fur et à mesure de leur croissance, les individus vont coloniser les eaux continentales pour vivre une dizaine d’années dans nos rivières et zones humides. À ce stade, les anguilles ne sont pas encore adultes et ont une livrée de couleur jaunâtre, on parle d’anguille jaune. La dernière métamorphose, le passage de l’anguille jaune à l’anguille argentée, va préparer l’animal à la migration de dévalaison et à la reproduction. Celle-ci va permettre à l’anguille de vivre dans les eaux marines et ainsi rejoindre les zones de reproduction.

La dégradation des milieux naturels (libre circulation entravée, qualité des eaux…), la pêche et la durée du cycle biologique de l’anguille sont les principaux responsables de la diminution de la population observée depuis les années 1980. L’anguille européenne est classée en danger critique d’extinction sur la liste rouge mondiale des espèces menacées de l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN).

Le Conseil des ministres de l’Union européenne a voté, le 18 septembre 2007, un règlement européen (règlement R(CE) N° 1100/2007) instituant des mesures de reconstitution du stock d’anguilles. Les ministères en charge de l’écologie et de la pêche en eaux douces et en eaux marines ont élaboré un plan de gestion national visant à reconstituer le stock d’anguilles à l’échelle nationale.

Approuvé par la Commission européenne par une décision du 15 février 2010, le plan de gestion anguille français vise à enrayer le déclin de l’espèce en agissant à court et moyen terme sur les principaux facteurs anthropiques de mortalité et de dérangement de l’espèce. Il se compose d’un volet national et de neuf volets locaux, soit un par unité de gestion de l'anguille. En application du règlement européen, des rapports de mise en œuvre ont été transmis par la France à la Commission européenne les 29 juin 2012, le 30 juin 2015 et le 30 juin 2018. Le prochain rapportage est prévu en 2021.

Un programme de repeuplement de l’anguille européenne est mis en œuvre en France dans le cadre du plan de gestion anguille dans les différentes unités de gestion de l’anguille au sens de l’article 7 du règlement R(CE) N° 1100/2007 du Conseil du 18 septembre 2007. Ce programme est dédié à la restauration de l’anguille et doit contribuer à la restauration de son stock. Ainsi chaque année, entre 5 et 10 % des civelles (anguilles de moins de 12 cm) prélevées en France doivent être utilisées pour la réalisation d’opérations de repeuplement (transfert vers des zones favorables à la croissance). Un appel à projets est lancé annuellement en vue de sélectionner les porteurs de projet qui bénéficieront des aides apportées par le ministère de la Transition écologique et solidaire, par le ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation et par l’Agence française pour la biodiversité. En septembre 2014, à la suite de l’appel à projet, neuf opérations ont été réalisées portant sur un volume de jeunes anguilles de 3 950 kg pour un montant de 1,993 million d’euros.

La pêche professionnelle de l’anguille est soumise à autorisation spécifique dans le cadre du plan de gestion anguille et les modalités sont codifiées au sein du code de l’environnement (R. 436-65-1 à 9).

La réduction de l'impact des ouvrages sur les populations d'anguilles s'inscrit plus largement dans le cadre de la politique de restauration de la continuité écologique des cours d’eau et des classements en liste 2 au titre du L. 214-17 du code de l’environnement.

Saumon atlantique

Il existe une cinquantaine de cours d’eau ou bassins fréquentés par le saumon atlantique en France au xxie siècle, depuis le Rhin, frontière avec l’Allemagne au nord-est, jusqu’à la Bidassoa, faisant frontière avec l’Espagne, au sud-ouest. Qualifié scientifiquement de poisson amphibiotique potamotoque (c’est-à-dire ayant un cycle de vie qui se déroule dans 2 milieux différents – eaux marines et eaux douces – et qui de la mer remonte les cours d’eau pour y pondre), le saumon atlantique (Salmo salar) est une espèce emblématique de la santé de nos rivières. Ses exigences en matière de qualité des milieux aquatiques s’appliquent aux parties hautes des bassins où se rencontrent les géniteurs pour la reproduction en hiver et où grandissent les jeunes, appelés successivement alevins, tacons puis smolts. Ce poisson retourne alors à l’océan pour y séjourner une ou plusieurs années avant de regagner sa nurserie d’origine pour y pondre à son tour. Altérant les milieux aquatiques avec notamment la construction des barrages hydroélectriques, l’homme a contribué au déclin du saumon alors même qu’il en exploitait une partie pour sa consommation.

La France est membre de l’Organisation pour la conservation du saumon de l’Atlantique nord (Ocsan), notamment par son statut de pays membre de l’Union européenne. Elle doit, avec l’ensemble des pays adhérents, mettre en œuvre les orientations, recommandations et résolutions définies par l’Ocsan pour la conservation du saumon atlantique. L'Ocsan est une organisation internationale, établie par une convention intergouvernementale en 1984, avec six Parties (Canada, Danemark, Union européenne, Norvège, Russie et États-Unis). Son objectif est de conserver, restaurer, améliorer et gérer rationnellement le saumon atlantique.
Hormis pour Saint-Pierre-et-Miquelon, l'Agernce française pour la biodiversité représente la France au sein de la délégation de l'Union européenne à l'Ocsan, en lien éventuel avec d’autres services de l’administration française. Pour répondre aux recommandations émises par l’Ocsan, qui s’appuient entre autres sur les travaux du Conseil international pour l’exploration de la mer (CIEM), la France a élaboré un premier plan français de préservation du saumon qui a été validé en 2008. Celui-ci a été révisé en 2015 selon les nouvelles recommandations pour la période 2013-2018.

Chaque unité de gestion a élaboré un plans de gestion des poissons migrateurs (Plagepomi) qui intègre des mesures de gestions des poissons migrateurs, avec une approche détaillée concernant le saumon pour les bassins de l’Adour, de la Loire et du Rhin.

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